上述の如く呼吸などに影響のない量の麻酔では、ある程度以上の痛みには反 応しますが、強い痛みは消化管に無理な力が加わっていることのサインであり、安全に検査を行う上で重要な役割を果たしています。

　特に大腸内視鏡検査では、検査時の痛みが問題とされることが多いのです が、一見、変化(苦痛)がないようでも、神経反射により血液内の酸素濃度が落ちたり、脈拍や血圧が低下したりなどの変化が起っています。

胃カメラによるピロリ菌の感染など、内視鏡検査によって細菌やウイルスの 感染が起こる可能性があります。ピロリ菌は検査を受ける方の半数以上が感染しているため、内視鏡の消毒が不十分な場合は、前に検査を受けた方から感染を起こす可能性が高くなります。数は少ないものの肝炎ウイルスをはじめとするウイルスにおいても、ウイルスの検査を受けていない方は感染が不明のため注意が必要です。
　これに対して内視鏡を行う施設では、検査毎に写真のような自動洗浄消毒装置を使用したり、消毒液や電解酸性水による高レベル消毒を行い、検査の際には常に消毒された状態を保つことで感染の防止に努めています。
　しかしながら、洗浄機や医療用の電解酸性水生成装置は高価であるため全施設で使用されているわけではありません。消毒液に漬けるだけの施設もありますが、洗浄の仕方や消毒液の取扱に問題があるためか感染が完全に防止できていないのが現状です。
　こういった問題を避けるためにも、それぞれの消毒法について注意すべき点を医療施設は熟知して行う必要があります。
　例えば、強酸性水の場合、PHや酸化還元電位による効果については周知のこととなっていますが、ただ使うだけでは感染は防止できません。
　まずは洗浄の段階でいかにきちんとタンパク成分を落とすかが重要です。さらに内視鏡の消毒の場合は、塩素濃度が重要な役割を果たしています。塩素濃度の高さによって細菌やウイルスをゼロにするための時間が異なりますので、データに基づいての消毒が必要となります。